Na 3ª eliminatória da EHF Cup participam 32 clubes. No sorteio, as equipas do Pote 1 jogam contra as equipas do Pote 2; depois de conhecidos os jogos, um novo sorteio vai decidir quem joga em casa primeiro.

Os jogos da 1ª mão serão a 26/ 27 de Novembro e os jogos da 2ª mão serão uma semana depois, a 3/ 4 de Dezembro de 2011.

Pote 1 (16 clubes)
- Dinamo Minsk (Bielorússia)
- Skjern Handbold (Dinamarca)
- Fraikin BM. Granollers (Espanha)
- Dunkerque HB Grand Littoral (França)
- Saint Raphael Var Handball (França)
- Frisch Auf Göppingen (Alemanha)
- Rhein-Neckar Löwen (Alemanha)
- SC Magdeburg (Alemanha)
- Maccabi Srugo Rishon Lezion (Israel)
- Haslum HK (Noruega)
- FC Porto Vitalis (Portugal)
- Sungul Snezhinsk (Rússia)
- RK Gorenje Velenje (Eslovénia)
- Pfadi Winterthur (Suíça)
- Tatran Presov (Eslováquia)
- Besiktas JK (Turquia)

Pote 2 (16 equipas)
- Bregenz Handball (Áustria)
- HC Izvidac (Bósnia Herzegovina)
- RK Nexe Nasice (Croácia)
- Nordsjaelland Handbold (Dinamarca)
- Cuatro Rayas Valladolid (Espanha)
- HBC Nantes (França)
- Balatonfüredi KSE (Hungria)
- Tatabanya Carbonex KC (Hungria)
- FH Hafnarfjardar (Islândia)
- OCI-Lions (Holanda)
- Madeira SAD (Portugal)
- HC Odorheiu Secuiesc (Roménia)
- SKIF-Krasnodar (Rússia)
- RK Crvena Zvezda (Sérvia)
- Eskilstuna Guif (Suécia)
- HC Dinamo-Poltava (Ucrânia)

Os 16 vencedores passam para os 1/8 final da EHF Cup, cujo sorteio irá ter lugar a 6 de Dezembro de 2011, pelas 11h00 locais, na sede da EHF.