As coleções que integram o Museu da Música Portuguesa resultaram da atividade das suas duas figuras tutelares e da política de incorporações do museu. Refletem a cultura e a atividade musical, artística e política do século XX português. Abrangem áreas da música, musicologia e etnomusicologia, etnografia, história, literatura, artes plásticas e decorativas.

São referência a coleção de instrumentos musicais populares portugueses, a coleção de objetos etnográficos relativos ao linho e à arte pastoril, ambas fruto da recolha de Giacometti, uma coleção de artes plásticas e decorativas, que integra um conjunto de quadros e objetos pessoais de Lopes-Graça, o mobiliário histórico e estatuária da Casa Verdades de Faria, assim como o seu património integrado - azulejos, frescos e cantarias. A coleção documental inclui os fundos Michel Giacometti e Fernando Lopes-Graça, com as bibliotecas pessoais, partoteca, as recolhas de campo e bibliográficas de Giacometti, a Obra Musical de Fernando Lopes-Graça, vasta correspondência, fotografias, dossiers de imprensa, programas de concerto. Por último destacamos a biblioteca de música portuguesa do maestro Álvaro Cassuto.